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Argentina: incremento de la Covid-19 con predominancia de la variante BA.2 en la Ciudad de Buenos Aires
Proyecto Argentino Interinstitucional de Genómica de SARS-Cov-2 (PAIS) Ciudad de Buenos Aires, Argentina 11 Mayo, 2022

Transcribimos a continuación los segmentos esenciales y conclusión completa del informe Vigilancia activa de variantes de SARS-CoV-2 de la CABA. Análisis genómico de casos de linajes emergentes de variante Omicron en la CABA y provincia de Chaco, elaborado por Proyecto Argentino Interinstitucional de Genómica de SARS-Cov-2 (PAIS).
Según indica el documento el texto corresponde a la versión actualizada el 10 de mayo de 2022 del Reporte Nº 31.
aSNC

Desde las semanas epidemiológicas 6-7 del 2022 se ha detectado la variante Omicron BA.2 en casos de transmisión local, y ésta se tornó predominante para las semanas 14-15 en la CABA. Ya en las últimas semanas analizadas (SE 16-17) Omicron BA.2 fue detectada en el 87% de los casos.
Se reporta el análisis genómico de tres casos de la variante Omicron en Argentina, uno perteneciente al linaje BA.4 y dos al BA.2.12.1, linajes emergentes de Omicron que no han sido reportados en nuestro país hasta la fecha.
El caso de BA.4, confirmado por análisis filogenético, corresponde a un individuo de la CABA sin nexo conocido con viajes internacionales, representando la primera detección de este linaje en América del Sur.
Los dos casos de BA.2.12.1 corresponden a un individuo de la CABA sin información disponible de nexo con viajes al exterior y otro de la provincia de Chaco con nexo indirecto con un viajero a México.

El análisis filogenético de los casos del linaje BA.2.12.1 no mostró evidencia de que pertenezcan a una cadena de transmisión común dentro del país. Ambos presentaron asociación filogenética con diferentes secuencias de América del Norte, lo cual es compatible con ingresos independientes al país y se encuentra en consonancia con la información epidemiológica disponible.
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Conclusiones
El linaje BA.2 de Omicron es predominante en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires (CABA) desde las semanas epidemiológicas 14-15 (primera quincena de abril), donde desplazó al linaje BA.1, asociado a la última ola de la COVID-19 en nuestro país.


En las últimas semanas analizadas (fines de abril), el linaje BA.2 fue detectado en el 87% de los casos. Se realizó la detección de tres casos de dos linajes emergentes de Omicron de reciente atención mundial por su asociación con aumento de casos y evasión inmune, uno perteneciente al linaje BA.4 y dos al BA.2.12.1.

El caso de BA.4 constituye la primera detección en América del Sur y corresponde a un individuo de la CABA, sin nexo conocido con viajes internacionales.
Los dos casos de BA.2.12.1 constituyen los primeros reportes en Argentina y corresponden a un individuo de la CABA y uno de la provincia de Chaco, este último con nexo epidemiológico con un viajero a México. Los tres casos descritos constituyen casos esporádicos hasta el momento, sin embargo, hay que seguir su evolución en el tiempo para analizar si estos linajes tendrán relevancia en nuestro país.

En el contexto epidemiológico global actual, con suba de casos y en el marco de la emergencia de estos nuevos linajes de Omicron, se recomienda reforzar las medidas de cuidado (ventilación de ambientes, uso de barbijos, distanciamiento físico) para evitar una mayor propagación de estos linajes en nuestro país, así como completar esquemas de vacunación y acceder a las dosis de refuerzo.

El Consorcio Argentino Interinstitucional de Genómica de SARS-CoV-2 continuará realizando la vigilancia molecular y el análisis genómico sobre los casos de circulación comunitaria, a fin de monitorear con rapidez la presencia, emergencia y evolución de variantes de interés epidemiológico nacional e internacional.
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* Proyecto Argentino Interinstitucional de Genómica de SARS-Cov-2 (PAIS)
Reporte N°31 (Informe parcial): Vigilancia activa de variantes de SARS-CoV-2 de la CABA. Análisis genómico de casos de linajes emergentes de variante Omicron en la CABA y provincia de Chaco.
Actualización al 10/05/2022
http://pais.qb.fcen.uba.ar/files/reportes/pais-reporte31.pdf